Esta secção da AEFMUP, tem um conselho de administração autónomo, nomeado pela direcção da AEFMUP e tem um acompanhamento constante por parte do Presidente e Tesoureiro da Direcção. Tendo a seu cargo a edição de três conceituadas revistas científicas, nas diversas áreas da Medicina, a saber:

Arquivos de Medicina

A primeira revista a ser criada, que tem como actual editor principal, o Prof. Doutor Henrique Barros. Visa a divulgação de temas de investigação e de actualização de todas as disciplinas médicas. É órgão oficial da Faculdade de Medicina do Porto e do Hospital de S. João. A indexação da revista Arquivos de Medicina na livraria on-line SciELO permitiu aumentar a divulgação e a disponibilização dos artigos publicados nesta reconhecida revista científica.

Arquivos Portugueses de Cirurgia

Tem como editor principal o Prof. Doutor José Amarante. Visa a divulgação de temas de investigação e de actualização das especialidades cirúrgicas. É o órgão oficial da Sociedade Portuguesa de Cirurgia.

Arquivos de Psiquiatria

 Inicialmente um suplemento dos Arquivos de Medicina, tornou-se no ano passado uma revista independente. Tem como editores principais o Prof. António Palha e o Prof. Rui Coelho.