A Associação de Estudantes da Faculdade de Medicina da Universidade do Porto foi gerada num atribulado período de implementação, crescimento e maturação no pós 25 de Abril, tendo sido legalmente fundada enquanto AEFMUP a 12 de Janeiro de 1982. Previamente existia com a designação de Associação de Estudantes da Faculdade de Medicina do Porto (AEFMP), tendo esta sido extinta para dar origem à associação que todos conhecemos actualmente.

Desde a sua concepção, definiu como seus objectivos a representação de todos os estudantes da Faculdade de Medicina da Universidade do Porto, bem como a promoção da sua formação nas vertentes curricular, científica, pedagógica, cultural, social, física e pessoal, contribuindo para o melhoramento do ensino na Universidade e da ligação desta à comunidade.

 Desde então tem marcado a sua actuação por um comportamento participativo e crítico, e por uma colaboração activa e empenhada nos diversos órgãos onde se encontra representada, tendo como prioridade a educação médica. A direcção da AEFMUP sempre se norteou por um forte espírito de entreajuda, por irreverência consciente e responsável, não nos submetendo a qualquer tipo de pressão partidária ou outra. Ao longo destes 26 anos a AEFMUP tem crescido, com a dedicação e trabalho de várias gerações de dirigentes, com a colaboração e interesse dos seus alunos, e com o imprescindível apoio da Faculdade que nos acolhe.

Graças à colaboração de todos, tem sido possível cumprir, ano após ano, os objectivos a que se propôs aquando da sua criação. Assim, a AEFMUP trabalha, fundamentalmente, a quatro níveis:

1. A área representativa, relacionada com a representação dos estudantes. Nesta área existem laços estabelecidos, entre outros, com a Associação Nacional de Estudantes de Medicina (ANEM), Federação Académica do Porto (FAP), Reitoria da Universidade do Porto, Órgãos de Gestão da Faculdade de Medicina do Porto e o seu Gabinete de Educação Médica, Ordem dos Médicos (através da Secção Regional Norte), Hospital de S. João, Ministério da Saúde e da Ciência Tecnologia e Ensino Superior.
2. A área pedagógica, relacionada com a busca de uma melhoria das condições de ensino/aprendizagem
3. A área socio-cultural e desportiva, na qual se promove a formação desportiva, cultural, social e pessoal dos estudantes, bem como o convívio saudável entre estes.
4. A área da solidariedade e intervenção cívica.
5. A componente científica, relacionada com a divulgação de avanços científicos realizados em Portugal, abrindo simultaneamente espaço para a divulgação da investigação e seu incentivo.

Todos os estudantes inscritos na Faculdade de Medicina são, por inerência, membros da AEFMUP (art. 5º, Decreto-lei nº 161 de 13-7-1999, da III série). A AEFMUP é fundamentalmente constituída por quatro corpos: A Reunião Geral de Alunos ou RGA (assembleia geral que consiste no seu órgão deliberativo máximo), o Conselho Fiscal, o Conselho das Comissões de Curso ou CCC (onde representantes das comissões de cada curso - responsáveis pela elaboração de horários, turmas, calendários de exames, material de Queima, festas de Medicina, etc. - se reúnem para decidir interesses comuns, para resolver/denunciar os problemas de cada ano, etc.) e a Direcção da Associação de Estudantes – DAEFMUP - (órgão administrativo e executivo).

No seio da AEFMUP existem ainda secções autónomas, nomeadamente a Arquimed (secção científica responsável pela edição de revistas) e os grupos académicos (Tuna de Medicina do Porto, Tuna Feminina de Medicina do Porto, o Grupo de Fados de Medicina do Porto e a Comissão de Praxe).